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年俸制適用労働者であっても、時間外・休日労働、深夜労働の割増賃金を支払わなければなりません。
しかし、割増賃金相当分を含めて年歩制を決定することができないわけではありません。
行政解釈は、「年俸に時間外労働等の割増賃金が含まれていることが労働契約の内容であることが明らかであって、割増賃金相当分と通常の労働時間に対応する賃金部分に区別することができ、かつ、割増賃金相当部分が法定の割増賃金以上支払われている場合は労働基準法第37条に違反しないと解される」（平12.3.8基収第78号）としています。
年俸に割増賃金が含まれていることが就業規則や賃金規定で明記されていても割増賃金相当額が不明の場合には、年俸に割増賃金が含まれているとは認められませんので、別途、割増賃金を支払う必要があります。
時間外労働の多い月、少ない月があって、年間で見れば実際の割増賃金を上回っていたとしても、ある月の時間外労働の割増賃金が割増賃金相当額より多くなった場合には、その月には不足分の割増賃金を支払わなければなりません。
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